מערכת שכר היא מערכת מידע המשמשת לחישובי שכר על פי פרמטרים שנקבעו מראש.
מערכות השכר מאפשרות חישוב אוטומטי של משכורת העובד על פי פרמטרים וחוקיות שנקבעו מראש לפי השיוך של העובד להסכם קיבוצי או לפי חוזה אישי, ובכך מקטינה את הסיכוי לתשלום שלא על פי חוק ומאפשרת לוודא קיום של דיני העבודה וזכויות העובד.
מערכות השכר משמשות בראש ובראשונה לחישוב שכרו והנפקת תלוש המשכורת של העובד, המסמך המפרט את פרטי השכר ששולם לעובד ממקום עבודתו אחת לתקופה מוגדרת (שבוע, חודש וכו', בהתאם למקובל במקום העבודה). על פי חוק ישנה חובה לספק לכל עובד תלוש משכורת עם כל הפרטים שנקבעו בחוק.

מלבד השימוש הבסיסי של הנפקת תלושי משכורת, מערכות השכר משמשות ככלי לבדיקת הוצאות הארגון, ביצוע סימולציות והערכת רווחיות של עובדים/מחלקות בארגון. סימולציות אלו מאפשרות לבחון את ההוצאות העתידיות של הארגון במצבים שונים.